FUS-50L(A)全自動發酵罐發酵過程是高度非線性復雜系統，以活細胞為對象的生物反應器中是多尺度的，即基因分子遺傳、細胞代謝調節和反應器工程特性三個尺度上相互作用、相互影響。為此提出了微生物過程多尺度優化原理。根據活細胞為主體的微生物發酵過程中基因分子尺度的網絡結構、細胞代謝尺度的網絡與生物反應器系統多尺度的宏觀網絡結構的復雜系統，提出了跨尺度測量的多參數相關分析與控制方法。從生物反應器多尺度的物料流、能量流變化和基因尺度信息流的變化分析細胞代謝尺度的變化，研究他們之間的關系，進而實現跨尺度控制的發酵過程優化。
FUS-50L(A)全自動發酵罐傳統的發酵過程優化起源于化學工程，僅僅注重環境變量，例如：溫度、pH、攪拌速率等等，因此，市場上大多數小試反應器也僅僅配備了溫度、pH、DO、轉速傳感器。而我們的反應器在此基礎上配備了質量流量計、發酵液量稱重、補料稱，并且把尾氣分析儀作為*配置，目的就是為了得到發酵過程中的速率參數，例如OUR（單位發酵液氧氣消耗速率）、CER（單位發酵液二氧化碳釋放速率）以及各種補料速率、補堿速率等。這些參數能反應出發酵液中微生物的生理狀態，因此，這些參數我們一般稱之為生理代謝參數。FUS-50L(A)標配5個電極接口，除了溫度、pH和溶氧電極以外，還可以選配活細胞量電極、濁度電極、CO2電極、電導電極、ORP電極等。如果用戶配備了活細胞量傳感器或者濁度電極，軟件可以進一步計算出比速率，比速率真正的反應出單個微生物的生理狀態。例如我們經常提到的比生長速率就是一個比速率，與之相似的還是比氧氣消耗速率、比CO2生成速率、比葡萄糖消耗速率、比產物合成速率等等。只有了解并獲取到這些關鍵參數，才能真正的理性指導發酵過程的優化和放大。利用這一套設備，多次實現了從50L到生產的一步放大。