宏病毒組測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:59:53
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大家好，這是專注表觀組學十余年。
病毒宏基因組學（Meta-virome）是在宏基因組學理論的基礎上，結合現有的病毒分子生物學檢測技術而興起的一個新的學科分支，是某類樣本中的病毒(virus)或病毒類似物(virus-like-particle)及其所攜帶遺傳信息的總稱。宏病毒組直接以環境中的病毒的遺傳物質為研究對象，能夠快速準確的鑒定出環境中所有的病毒組成，在病毒發現、病毒溯源、微生物預警等研究方面具有重要作用。宏病毒研究可應用于人或動物腸道或者血液樣本、海洋、土壤等的研究，用以挖掘潛在的對人類和環境的危害。
易基因科技同丹麥哥本哈根大學微生物課題組聯合開發高效的宏病毒組顆粒富集方法，可對微量樣本進行病毒顆粒富集，并保證病毒活性及高均質性，為宏病毒組學、噬菌體與細菌之間的互作關系等研究提供優良技術支持，保駕護航！
研究方向：
宏病毒組學研究在病毒發現、病毒溯源、微生物預警等研究方面具有重要作用：
農業領域：環境污染、生態系統破壞和作物殘留化學物質。
生態環境領域：調控寄主群落結構、參與元素地球化學循環、基因水平移動媒介。
醫藥領域：噬菌體和噬菌體療法的研究、人體腸道病毒組研究。
技術優勢：
對樣本進行病毒顆粒富集，實現微量樣本中的病毒組進行有效分離。
對噬菌體不造成損傷，大程度保證了病毒活性，適用于下游FVT研究。
相較于傳統的PEG，CsCl等方法，均質性高，噬菌體偏好性低。
全面的數據分析策略，定制的多組學關聯數據挖掘。
技術路線：
實驗策略：
分析內容：
送樣要求：
經典案例：
醫學方向（合作團隊研究）
噬菌體是糞便病毒組的主要成員，糞便病毒組移植（FVT）或能有效的調節腸道菌群。Gut發表了來自丹麥哥本哈根大學團隊（易基因合作方）的研究，在該項概念驗證試驗中發現，接受瘦小鼠的糞便病毒組移植后，飼喂高脂食物的小鼠體重增長變慢，同時還能保持正常的血糖指標，FVT引起的腸道菌群變化介導了這些保護性功能代謝作用。這項研究表明，FVT療法或能用來改善肥胖和糖尿病等腸道菌群相關代謝類疾病。
醫學方向（合作團隊研究）
對豬糞便樣本的病毒組和微生物組分析表明，噬菌體和原噬菌體很少攜帶抗生素抗性基因
Billaud,et al.(2021). Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME Communications. 1. 55. 10.1038/s43705-021-00054-8.
背景：
了解抗生素抗性基因（ARGs）的傳播對人類健康至關重要。為此，有必要確定哪種類型的可移動基因元件（MGEs）能夠將它們從動物宿主傳播到人類病原體中。先前研究表明，在豬糞便中，抗生素抗性基因（ARGs）可能由噬菌體編碼。然而由于細菌DNA污染問題，仍然缺乏令人信服的證據證明豬病毒組中的噬菌體編碼ARGs。
方法：
收集14個豬或仔豬的糞便樣本，使用標準程序對純化的病毒組（VP）和總微生物組（P）進行DNA提取進行深度測序分析，以研究噬菌體和原噬菌體編碼的ARGs。
結論：
本研究結果顯示ARGs不存在于活性病毒體形成的噬菌體基因組中（低于病毒組中病毒重疊群的0.02%），但存在于三個原噬菌體中，占微生物組數據集中鑒定的病毒重疊群的0.02%。然而在病毒組中沒有檢測到對應的噬菌體，其遺傳圖譜表明可能有缺陷。研究結果表明在豬糞便樣本中，噬菌體和原噬菌體很少攜帶ARGs。此外，本研究數據全面了解了前噬菌體和病毒顆粒之間的相互作用，并揭示了inoviruses和Oengus-like兩大噬菌體分支。
在豬糞便樣本噬菌體和原噬菌體重疊群中發現的ARGs
參考文獻：
①Faecal virome transplantation decreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model DOI: 10.1136/gutjnl-2019-320005
②Billaud,et al.(2021). Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME Communications. 1. 55. 10.1038/s43705-021-00054-8.
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