一、Ridom SeqSphere+ 特征：

DNA序列分析工具：
使用集成的 SKESA、Velvet、SPAdes 和 BWA 算法組裝原始reads (FASTQ)。 讀取和分析拼接文件（ACE、BAM、FASTA）。 使用 Mash Screen 進行污染檢查。 編輯和分析 NGS 和Sanger DNA 序列數據。

序列自動分析流程：
根據測序質量修剪數據、拼接組裝、分析和分型數百個 NGS 數據。

細菌表征：
使用用戶定義的 QC 參數自動進行細菌分型。基于WGS 數據在核心基因組（core genome）和/或附屬基因組（accessory genome）水平查找等位基因和 SNP。使用公共分型方案進行基因分型或使用軟件集成的cgMLST Target Definer進行自定義分型。 使用 NCBI AMRFinder 進行耐藥性預測，使用VFDB數據庫進行毒力分析。

數據庫：
從數據庫中存儲的實驗、流行病學和 DNA 序列數據中存儲、搜索、檢索、導出和創建報告。 數據字段符合 EBI European Nucleotide Archive (ENA) 的meta數據要求。 將新的序列條目與存儲的數據進行比較。 自動獲取可能的暴發提示。 管理和備份所有數據（序列和表型數據）。 從NCBI下載完整基因組或者基因組草圖或SRA reads。只需單擊一下即可將原始reads和表型數據提交到 EBI ENA。

分析工具：
在內置 GIS、epi-curve 和系統發育樹（支持最小生成樹算法等）功能的比較表中可視化地點、時間、“人”和型別等維度。所有維度視圖都是相互鏈接的，并且可以導出可發表格式（SVG 和 EMF）的圖表。 將樹的著色、拓撲結構和選擇的樣本存儲在比較表快照中。 搜索特定組的 SNP，例如，設計暴發菌株特異性 PCR 篩選試驗。

用戶友好型：
無需腳本或者復雜生物信息學技能即可運行數據分析。

高度自動化流程：
下載預定義的分型方案或基于參考基因組或等位基因庫快速創建您自己的方案。 設置組裝和分析流程以分析數百個樣品，而無需更進一步的用戶干預。

下載在線分型方案：
與他人共享分型方案，可擴展的公開可用的cgMLST.org 等位基因命名服務器

二、Ridom SeqSphere+ 微生物NGS分析應用

Core & Accessory基因組多位點序列分型和SNP分析
NCBI AMRFinderPlus耐藥基因分析
毒力因子分析
大腸桿菌和單增李斯特菌基因組血清分型
De novo 組裝 (SKESA, Velvet, [SPAdes]) 及mapping (BWA)
四維度（地點、時間、人物、型別）互聯可視化呈現數據
組特異性的SNPs用于開發特異性的篩選試驗
從NCBI 下載細菌基因組和 SRA FASTQ及 meta 數據
EBI ENA 細菌 FASTQ 數據和 meta 數據上傳

SARS-COV2數據分析