蛋白測序策略選擇：何時用Edman測序而非質(zhì)譜？檢測技術(shù)服務詳情介紹

在dànbáizhì研究中，測序技術(shù)的選擇往往決定了實驗能否成功。雖然質(zhì)譜（Mass Spectrometry, MS）已成為主流的蛋白測序工具，但Edman降解（Edman degradation）仍然在某些場景中bùkětìdài。那么，何時選擇Edman測序而非質(zhì)譜？這不僅關(guān)乎實驗設計效率，也關(guān)系到結(jié)果的可解釋性與應用價值。本文將從原理、優(yōu)勢對比、適用場景等角度，深入解析這兩種策略的異同，幫助科研人員做出更jīngzhǔn的技術(shù)選擇。

一、兩種測序原理的根本差異

1、Edman降解：經(jīng)典但依賴于N端

Edman降解是基于化學反應逐步切割N端氨基酸并進行鑒定的方式。每次循環(huán)可鑒定一個氨基酸，適用于N端游離且較短的肽段，理論上可達到20–30個氨基酸的測序深度。

（1）優(yōu)點：高準確率、序列信息直接、可讀性強

（2）局限：對N端封閉蛋白無能為力、無法解析修飾、不適用于復雜混合物

2、質(zhì)譜測序：速度與通量的代表

質(zhì)譜測序依賴肽段離子在氣相中的碎裂模式，結(jié)合數(shù)據(jù)庫搜索或de novo算法推測序列，是目前高通量蛋白組學的核心技術(shù)。常用平臺包括Orbitrap、TOF等，配合LC-MS/MS系統(tǒng)可實現(xiàn)對千級以上蛋白的并行分析。

（1）優(yōu)點：靈敏度高、通量大、適配修飾分析

（2）局限：序列推斷需數(shù)據(jù)庫依賴，de novo算法在低質(zhì)量數(shù)據(jù)時準確性下降；蛋白起始點信息不總是清晰

二、如何根據(jù)實驗目標選擇測序方法？

1、明確研究目標：需要“哪一段”的序列？

（1）只需N端起始序列確認：Edman測序優(yōu)先 適用于新蛋白表達產(chǎn)物的確認、成熟蛋白N端剪切位點驗證等

（2）需全序列、翻譯后修飾信息、復雜樣本中識別：質(zhì)譜測序為主選

百泰派克生物科技建議：在構(gòu)建表達系統(tǒng)時，若引入標簽（如His、Flag等）易造成N端封閉，影響Edman反應活性，應提前設計保留N端游離。

2、樣品純度：是否足夠支持Edman測序？

Edman測序需高純度蛋白樣本（>90%）且量不少于1–5 µg，并要求蛋白在PVDF膜上固定、轉(zhuǎn)印完整。

如果樣品雜蛋白干擾嚴重，Edman測序結(jié)果容易混淆；質(zhì)譜則具有更好的抗雜能力，可通過預分離提高特異性識別。

3、蛋白是否有修飾或變體存在？

質(zhì)譜可同時識別磷酸化、乙?；?、糖基化等翻譯后修飾，以及突變、剪切變異等分子異構(gòu)形式。Edman則無法應對這些復雜修飾。

三、哪些典型應用場景更適合Edman測序？

1、單一純化蛋白的N端驗證

例如：驗證重組蛋白表達正確性、檢測成熟蛋白是否經(jīng)信號肽剪切。

2、生物藥一致性分析（如抗體藥物）

在抗體藥物開發(fā)中，N端氨基酸序列的直接讀取有助于確認藥品一致性、加工穩(wěn)定性和法規(guī)合規(guī)性。

3、無數(shù)據(jù)庫匹配參考的全新蛋白研究

在一些新物種、微生物株中，質(zhì)譜由于缺少數(shù)據(jù)庫支撐，de novo推斷誤差大；Edman提供的jīngquèN端序列可以輔助構(gòu)建參考蛋白庫。

四、實際操作中，是否可以聯(lián)合使用？

當然可以。Edman測序與質(zhì)譜測序是互補而非互斥的技術(shù)。聯(lián)合策略示例：優(yōu)良行Edman測序獲取N端序列，再用質(zhì)譜確認其余部分并解析修飾信息。這種方式能zuì大化獲取結(jié)構(gòu)信息，也更利于后續(xù)功能研究或抗體設計。

百泰派克生物科技的技術(shù)建議與服務優(yōu)勢

在百泰派克生物科技，我們提供包括：

• 高純度蛋白SDS-PAGE后PVDF膜轉(zhuǎn)印+Edman降解

• Orbitrap平臺下的高分辨率LC-MS/MS蛋白測序

• 蛋白翻譯后修飾分析、標簽識別、de novo序列拼接

通過科學的策略整合，我們幫助多個客戶實現(xiàn)從蛋白表達驗證→結(jié)構(gòu)解析→功能鑒定的高效轉(zhuǎn)化，提升研發(fā)效率與數(shù)據(jù)可信度。Edman測序并未過時，它在某些精細結(jié)構(gòu)分析中依然dújù優(yōu)勢。而質(zhì)譜的高通量特性則為大規(guī)模組學研究提供了基礎。zuì關(guān)鍵的，是根據(jù)實驗目的、樣本狀態(tài)和預算合理選擇測序方式，甚至融合使用。如您在蛋白測序策略選擇方面仍有疑問，歡迎隨時聯(lián)系百泰派克生物科技獲取定制化技術(shù)支持，我們期待為您的科研項目保駕護航。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白zhìzǔxué

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量蛋白zhìzǔxué、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白zhìzǔxué分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白zhìzǔxué服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋蛋白zhìzǔxué、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

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