尺寸排阻是按分子大小順序進行分離的一種色譜方法，體積大的分子不能滲透到凝膠孔穴中去而被排阻，較早的淋洗出來；中等體積的分子部分滲透；小分子可*滲透入內，后洗出色譜柱。樣品分子基本按其分子大小先后排阻，從柱中流出。被廣泛應用于大分子分級，即用來分析大分子物質相對分子質量的分布。
尺寸排阻色譜柱的保存：日常使用中，SepaxSEC色譜柱建議保存在150mM磷酸鹽緩沖液中(pH7.0)。如長期不用時，可將色譜柱保存至20%乙醇中，以防止菌體污染。(注：可根據具體使用條件選擇保存方式，如實驗條件為緩沖鹽體系，建議保存在150mM磷酸鹽緩沖液中，pH7.0。若實驗條件為有機溶劑體系，建議保存在20%乙醇中。)
尺寸排阻色譜柱的清洗：多次使用后某些樣品可能會吸附到入口篩板或填料上，當積累至一定程度時會出現壓力升高并伴隨峰型展寬的現象，此時需要清洗色譜柱。一般流程為：斷開檢測器，反接色譜柱，在低于50%大推薦流速下用清洗液沖洗10-15倍柱體積。一般有：
0.5M硫酸鈉溶液(pH3.0)：適用于堿性蛋白的清洗；
10%-20%有機溶劑(乙醇、異丙醇、乙腈)：疏水性蛋白的清洗；
4M尿素(pH7.0)：適用于易聚集蛋白樣品的清洗。
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