蛋白質的種類繁多，結構復雜，迄今為止沒有一個理想的分類方法。著眼的測面不同，分類也就各異，例如從蛋白質形狀上，可將它們分為球狀蛋白質及纖維狀蛋白質；從組成上可分為單純蛋白質（分子中只含氨基酸殘基）及結合蛋白質（分子中除氨基酸外還有非氨基酸物質，后者稱輔基）；單純蛋白質又可根據理化性質及來源分為清蛋白（又名白蛋白，albumin）、球蛋白（globulin）、谷蛋白（gluin）、醇溶谷蛋白（prolamine）、精蛋白（protamine）、組蛋白（histone）、硬蛋白（scleroprotein）等（見表1?）。結合蛋白又可按其輔基的不同分為核蛋白（nucleoprotein）、磷蛋白（phosphoprotein）、金屬蛋白（metalloprotein）、色蛋白（chromoprotein）等（見表1-5）。

　　此外，還可以按蛋白質的功能將其分為活性蛋白質（如酶、激素蛋白質、運輸和貯存蛋白質、運動蛋白質、受體蛋白質、膜蛋白質等）和非活性蛋白質（如膠原、角蛋白等）兩大類。