影響色譜柱性能因素有:一、物理因素：
(1) 硅膠純度：硅膠純度和殘留金屬離子濃度，硅膠的雜質會影響化合物的峰形，硅膠表面的金屬含量高會影響堿性化合物的峰形，易發生拖尾。
(2) 色譜柱尺寸填料床的長度和內徑，增加色譜柱長度，可以在一定程度上提高柱效，但也會升高壓力和導致峰展寬；寬柱徑，提高載樣量，但也會增加橫向擴散，同樣會導致峰展寬。窄柱徑可以節約溶劑，可減少橫向擴散，但壓力較大，對系統要求較高。
(3) 顆粒形狀及粒徑球形顆粒柱效高、重現性好、柱床結構均勻，不規則形柱床結構不均勻、流動相線速度不均勻，容易譜帶展寬；平均顆粒直徑，粒徑越小，柱效越高，柱壓也越高。粒徑分布越廣則柱效越低，壓力越大。
(4) 顆粒表面積：顆粒外表面和內部孔表面的總和，以m2/g表示，相對而言高表面積對樣品具有較強的保留能力，更大的柱容量和分離度。而低表面積能更快達到平衡狀態，更適合梯度洗脫程序。
(5) 孔徑：顆粒的孔或腔的平均尺寸，范圍是80~300?，大孔徑的填料顆粒可以延長大分子溶質在填料表面的滯留時間，改善分離，所以大孔徑填料適合分離大分子化合物或者水動力體積較大的分子。
二、化學因素：
(1) 鍵合類型及鍵合相：鍵合相分子與基體單點相連為單體鍵合，這種鍵合方式可以提高傳質速率，縮短柱平衡時間，；聚合體鍵合為鍵合相分子與基體多點相連，這種鍵合方式可以增加色譜柱穩定性，增加載樣量。而鍵合相不同會直接影響化合物的保留行為。
(2) 碳覆蓋率：高碳覆蓋率可以提高分辨率和重現性，但分析時間長。
(3) 封端：硅膠鍵合相填料中有部分未封端的殘留硅羥基，如圖封端可以減輕待測組分與硅膠表面殘留的酸性硅羥基反應，改善保留和峰行，這對于堿性化合物尤其重要。而不同的封端技術也會直接影響色譜柱的效能。
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