凝膠成像系統是，樣品在電泳凝膠或者其他載體上的遷移率不一樣，以標準品或者其他的替代標準品相比較就會對未知樣品作一個定性分析。這個就是圖像分析系統定性的基礎。根據未知樣品在圖譜中的位置可以對其作定性分析，就可以確定它的成份和性質。
樣品對投射或者反射光有部分的吸收，從而照相所得到的圖像上面的樣品條帶的光密度就會有差異。光密度于樣品的濃度或者質量成線性關系。根據未知樣品的光密度，通過于已知濃度的樣品條帶的光密度指相比較就可以得到未知樣品的濃度或者質量。這就是圖像分析系統定量的基礎。采用技術的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布更加均勻，zui大限度的消除了光密度不均造成的對結果的影響。
凝膠成像使用方法：
*： 打開電腦，啟動凝膠分析軟件，進進用戶界面。
第二： 打開采集凝膠成像圖像的暗箱裝置電源開關，放進凝膠，打開紫外光源或白光光源，將采集裝置與電腦上采集卡相連，然后選擇“文件"菜單中的“圖像采集"或工具欄的“圖像采集"按鈕，出現圖像窗口：“開始采集"、“停止采集"、“采集圖像"等。假如圖像不清楚，可以調節暗箱上的變焦鏡，使之清楚。可直接將圖像保存起來，也可通過“圖像處理"對圖像進行旋轉、裁剪、濾波、調節對比度……方面的處理。
第三： 對讀進的電泳凝膠圖像，可以啟動電泳凝膠分析系統。在“功能選擇"菜單中選擇“電泳凝膠"或在工具欄上的“電泳凝膠"工具，將出現泳道分析工具欄，并在“圖像顯示"子窗口中出現一個紅色的矩形框。還可進進“條帶分析"系統，對條帶 進行編號，對二條以上的條帶進行比較。
第四： 采集圖像結束后，封閉暗箱電源開關，從暗箱中取出凝膠，并將玻璃板清洗干凈。
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