中性蛋白酶是最早用于工業生產的蛋白酶。大多數微生物中性蛋白酶是金屬酶，酶蛋白中含有Zn2。相對分子質量35 000～40 000等電點(pI)8～9，是微生物蛋白酶中最不穩定的酶，很易自溶，即使在低溫冰凍干燥，也會造成相對分子質量的明顯減少。
代表性的中性蛋白酶是耐熱解蛋白芽孢桿菌所產生的熱解素與枯草芽孢桿菌(B.subtilis)的中性蛋白酶。這些酶在pH6～7穩定，超出此范嗣迅速失活。以酪蛋白為底物時，枯草芽孢桿菌蛋白酶最適pH為7～8，熱解素是pH7～9，曲霉菌的酶是pH6.5～7.5。
一般中性蛋白酶的熱穩定性較差。枯草芽孢桿菌中性蛋白酶在pH7、60℃處理15min，失活90%;棲土曲霉(Aspergillus terricola)3.942中性蛋白酶55℃處理10min。失活80%以上;
而放線菌166中性蛋白酶的熱穩定性更差，只在35。C以下穩定，45℃迅速失活。只有少數例外，如熱解素在80。C處理1h，尚存酶活50%;
有的枯草芽孢桿菌中性蛋白酶，在pH7、65℃酶活幾乎無損失。酶的最適溫度取決于反應時間.在反應時間lO～30min內，最適溫度45～50℃。鈣離子可以增加酶的穩定性，并減少酶自溶，故中性蛋白酶提純過程的每一步都需有鈣離子的存在。
用合成底物實驗表明，中性蛋白酶只水解由亮氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸等疏水大分子氨基酸提供氨基的肽鍵。對不同氨基酸構成的肽鍵的水解能力，因酶的來源而異，大體是亮氨酸>苯丙氨酸>酪氨酸。
工業生產中性蛋白酶常用的碳源是葡萄糖、淀粉、玉米粉、米糠、麩皮等，主要的氮源是豆餅粉、魚粉、血粉、酵母、玉米漿等。在固體培養棲土曲霉3.942時，麩皮原料中摻加30%～40%廢曲或酒糟，酶活可達15 000U/g以上。
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