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抗生素雖然減少了可以觀察到的細菌、酵母等微生物的污染機會，卻會增加支原體、病毒等隱性污染的機會。

因為細胞培養中污染主要來源于空氣中的微粒和汽霧，而這些微粒和汽霧可以同時攜帶支原體、病毒和其他微生物。當抗生素使用時，可見污染被抑制而隱性污染又沒被注意到，這樣支原體、病毒等隱性污染的機會反而增加了。Barile的一項研究顯示（1），72%持續使用抗生素培養的細胞有支原體污染，而不使用抗生素培養的細胞支原體污染的比例只有7%。

反過來如果不使用抗生素，支原體、病毒的污染往往會伴隨細菌和酵母等的污染。由于細菌和酵母等的污染很容易觀察到，污染細胞的及時清理就大大減少了支原體、病毒的污染機會。

潛在的支原體、病毒的污染會帶來很大的危害。這些微生物的存在會影響細胞的理化性質，從而使研究者得到錯誤的實驗結果。在嚴重的情況下，甚至使一個實驗室數年的研究白白浪費。

由于過濾技術的提高和超凈臺質量的改進，在規范的細胞培養操作過程中引進污染的機會已經被大大降低了。所以比較合理的建議是，在常規的細胞培養中不要使用抗生素。只有在培養污染源很多（比如組織培養），或者培養非常珍貴的細胞株時才使用抗生素。