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一種優于測序的KRAS突變檢測方法
閱讀：472 發布時間：2014-12-20
KRAS基因參與了多種實體瘤的發病，包括結直腸癌和非小細胞肺癌等，而KRAS突變的檢測有助于醫生選擇對腫瘤病人zui有效的治療方法。近日，一個由中國科學家領導的團隊在《Journal of Experimental & Clinical Cancer Research》上發表文章，稱肽核酸鉗制PCR（PNA-PCR）技術在檢測KRAS突變上比Sanger測序更為靈敏。
這篇文章的通訊作者是軍事醫學科學院附屬醫院消化道腫瘤科主任徐建明教授。在這項研究中，中國、美國及意大利的研究人員調查了416例轉移性結直腸癌患者的樣本。這些患者在2007年至2011年期間被送往軍事醫學科學院附屬醫院，并接受兩個周期或以上的化療。研究人員回顧性搜索了FFPE樣本中的KRAS突變，以及242個配對血漿樣本中的突變。生物通 www.ebiotrade.com
研究人員將PNA-PCR與Applied Biosystems 3100基因分析儀上的直接測序進行了比較。他們還將組織和血漿中的KRAS突變檢測與化療后的臨床結果相關聯。在FFPE腫瘤組織中，KRAS狀態與臨床反應或無進展生存期之間沒有關系。
總體考慮組織和血漿結果，兩個樣本中的野生型基因型導致整體生存期中位數長5個月，而通過PNA-PCR檢測到組織和血漿樣本中KRAS突變不一致的患者，或兩個樣本類型中都有突變的患者，生存期縮短。
此外，PNA-PCR檢測到41%合并樣本中的KRAS基因改變，而測序只檢測到30%的突變，這使得作者得出結論，PNA-PCR是一種更靈敏的檢測。與血漿相比，突變在組織中更頻繁，而在70%的病例中，血漿中的突變狀態與組織一致。5%的樣本在血漿中表現出突變，而在組織中沒有，作者將其稱為腫瘤異質性。對于血漿樣本，測序的KRAS突變檢出率為17%，而PNA-PCR為31%。
研究人員認為，KRAS突變狀態與轉移性結直腸癌患者的預后相關。腫瘤組織和血漿中的KRAS突變是預后不良的強大指標。
PNA-PCR這項技術利用肽核酸（peptide nucleic acids）來鉗制野生型序列的擴增。由于PNA與DNA之間的結合力很強，故結合了PNA探針的野生型序列無法擴增，而當序列發生突變時，結合力變弱，則能夠在聚合酶的作用下進行擴增。在這項研究中，PNA探針被用于抑制野生型KRAS基因的密碼子12和13的擴增。
其他研究人員也利用這項技術來檢測非小細胞肺癌以及循環無細胞DNA中的KRAS突變。美國DiaCarta公司也開發出一種類似的鉗制技術，利用的是XNA。DiaCarta的一系列試劑盒已經通過CE認證，利用這種方法來檢測全血樣本中各種癌癥相關的突變，包括KRAS。（