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使用與其他噬菌體展示方法相同的步驟來對制備出的文庫的文庫容量和多樣性進行鑒定。為了在篩選后得到序列與結構的關系，應保證在噬菌粒文庫中存在合理水平的過量，以確保在篩選步驟中所有克隆都能被取樣，這一點是很重要的。我們通常力爭讓文庫容量比理論上的蛋白序列多樣性過量約100倍。可以通過將梯度稀釋的電轉后細胞鋪板，來評估噬菌粒文庫的容量。隨后，為了測定轉化后文庫的存在，可以通過菌落PCR或者限制性酶切（如果在突變時引入或刪除了限制性酶切位點）來鑒定單克隆。例如，如果親代克隆（模板）有一個*的限制性酶切位點在突變時被破壞了，則可以用這一點來測定親代克隆在文庫中的比例。對于像從文庫那樣含有幾個部分隨機化位點的特定文庫，通過對單克隆的DNA進行測序來評價多樣性。序列分析會揭示在原始文庫里是否存在著對一些特殊的克隆的傾向。為了以確保沒有一個遠遠過量于其他克隆的克隆存在，可以使用統計學方法測定需要進行測序的克隆的zui小數量，以得到一個明確的文庫容量。