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新技術(shù)揭示DNA密碼中的5-羥甲基胞嘧啶隱秘信息
最近更新時間：2013-2-20
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新技術(shù)揭示DNA密碼中的5-羥甲基胞嘧啶隱秘信息
由于缺少在全基因組范圍內(nèi)，對5-羥甲基胞嘧啶（5hmC）進行單個堿基水平分辨率的作圖手段，對5hmC的研究一直進展緩慢。5月17日Cell雜志在線發(fā)表了Chuan He研究組的研究論文“Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytosine in the Mammalian Genome”將這一研究方向推進了一大步。
傳統(tǒng)的親和純化手段不能準(zhǔn)確定位5hmC，也不能確定它在每一修飾位點的相對豐度。Chuan He等人運用Tet輔助的重亞硫酸鹽測序（TAB-Seq）技術(shù)，與傳統(tǒng)的重亞硫酸鹽測序技術(shù)結(jié)合,在基因組范圍內(nèi)以單個堿基的分辨率對5hmC進行作圖，并確定5hmC與5mC的相對豐度。
將這一技術(shù)應(yīng)用于胚胎干細(xì)胞，他們不僅證實了5hmC在哺乳動物基因組中廣泛分布，而且顯示5hmC位點更易于出現(xiàn)在某些特殊序列當(dāng)中，并具有在兩條DNA鏈分布的不對稱性。
他們還發(fā)現(xiàn)鄰近轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA位點存在高水平的5hmC和低水平的5mC。此外，5hmC分布水平在不同功能序列元件之間差異也很大。這提示5hmC的修飾和保持在這些元件之間的機制是不同的。