像素是顯微圖像分析系統的zui小測量單位，通過它我們不僅能夠得到待測范圍內的幾何形態信息，如面積、周長和直徑等等，還可根據樣品是否能夠吸光或發光來測量其物質的總含量。在組織化學和免疫組織化學中常用熒光素來標記物質，使被測量物質產生有色熒光，從而進行分析。此外，在原位雜交技術中，采用放射自顯影的標本也可以作為發光組織細胞樣品使用顯微圖像分析系統進行分析。

（一）眼光組織細胞樣品的測量
對于吸光組織細胞樣品，圖像分析系統至少能以下列三種參數來表述細胞待測物質的計量結果：
1．積分光密度（integrated optical density，IOD），又稱積分吸光度，是被測量范圍內各像素吸光度的總和，表述測量范圍內各像素吸光物質的總含量，測量范圍可為面積或體積。
2．平均光密度（average optical density，AOD），又稱平均吸光度，是被測量范圍內各像素吸光度的算術平均值，表述被測量范圍內各像素吸光物質含量的平均水平，可反映此范圍的染色深淺程度。
3．平均光密度方差 反映被測量范圍內務像素染色深淺差異的指標，稱為平均光密度方差（variance of average optical density），是表述被測量范圍內各像素間吸光度的離散程度。

（二）發光組織細胞樣品的測量
對于發光的組織細胞樣品，圖像分析系統也能以下列三種參數來表述細胞待測物質的計量結果：
1．積分光強度（integrated light intensity） 是被測量范圍內務像素光強度的總和．表述測量范圍內各像素發光物質的總含量，測量范圍也可為面積或體積。
2．平均光強度（average light intensity） 是被測量范圍內各像素光強度的算術平均值，表述被測量范圍內各像素發光物質含量的平均水平，可直觀地反映此范圍的亮度。
3．平均光強度方差 反映被測量范圍內務像素間亮度強弱差異的指標，稱為平均光強度方差（variance of average light intensity），表述被測量范圍內各像素間光強度的離散程度。