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DNase I footprinting assay（DNase I足跡分析實驗）可以精確鑒定DNA結合蛋白（如轉錄調控蛋白）在DNA分子上的結合位點。轉錄調控蛋白通過與啟動子區域結合來調控靶標基因的轉錄。目前，凝膠阻滯實驗（EMSA）和DNase I足跡分析實驗是重要的一套體外研究工具：凝膠阻滯實驗可以確定轉錄因子是否與DNA直接結合，而DNase I足跡分析實驗則可以精確鑒定其結合的DNA序列，從而幫助我們研究基因轉錄調控的機制。經典的DNase I足跡分析實驗需要使用同位素進行標記，并在反應完成后通過跑原始的DNA測序膠來檢測；該方法不僅危險，而且費時、對操作者的技術要求高、成功率低。針對這種情況，上海伯豪目前推出利用“熒光標記”結合ABI測序儀的方法來進行DNase I足跡分析實驗。 

一、EMSA及Footprinting 實驗服務的優勢： 

1.相對于“同位素標記”，“熒光標記”更安全、無污染； 
2.“熒光標記”，實驗的速度快、重復性好、靈敏度高。 

● 熒光標記法，由于可以進行DNA的精確定量，并可以在常規的實驗臺上面操作；同位素標記法只能通過放射性強度來估測，且操作時需要特別的保護裝置，操作不便。因此，熒光標記法的可重復性要遠遠好于同位素操作。 
● 原始的PAGE測序膠對操作者的技術要求很高，且條帶的清晰度受到多種實驗因素的影響；ABI測序儀的操作體系非常成熟，靈敏度高，重復性好。因此，熒光標記法更靈敏度，獲得的保護區域更清晰，圖片的質量更好。 

二、EMSA及Footprinting 實驗服務實驗及數據分析流程：

三、實例分析：

原文：Characterization of a New GlnR Binding Box in the Promoter of amtB in Streptomyces coelicolor Inferred a PhoP/GlnR Competitive Binding Mechanism for Transcriptional Regulation of amtB. Journal of Bacteriology. 2012,194(19):5237-44.

四、服務說明： 
● 該服務適用于：已經通過EMSA等實驗證明轉錄調控蛋白可以結合DNA，但是需要通過DNase I足跡分析實驗來進一步精確鑒定蛋白結合的DNA序列，以便研究其轉錄調控的機制。客戶需要提供純化的蛋白，DNA樣品及引物序列，同時需要提供EMSA結果圖及實驗參數以便于接下來的DNase I足跡分析實驗。 
● 公司同時提供蛋白純化或者EMSA實驗驗證，但需另計費用。 
● 本服務同樣適用于mRNA轉錄起始位點的鑒定，原理與DNase I足跡分析實驗類似，即在Primer extension實驗或者S1 mapping實驗中用熒光標記法替代同位素標記法。客戶需要提供高質量的RNA樣品及目的基因序列。

五、近年來使用該技術發表的部分論文： 
1, Structural and functional analysis of the transcriptional regulator Rv3066 of Mycobacterium tuberculosis. Nucleic Acids Res. 2012,40(18):9340-55. 
2, LVIS553 Transcriptional Regulator Specifically Recognizes Novobiocin as an Effector Molecule. J Biol Chem. 2010,285(22):16921-30 
5, Detailed analysis of the DNA recognition motifs of the Xanthomonas type III effectors AvrBs3 and AvrBs3Δrep16. Plant J. 2009,59 (6): 859–871. 
4, A key developmental regulator controls the synthesis of the antibiotic erythromycin in Saccharopolyspora erythraea. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008,105(32):11346-51. 
5, A Pseudomonas aeruginosa transcription factor that senses fatty acid structure. Mol Microbiol. 2007,66(3):622-32. 
6, Anaplasma phagocytophilum p44 mRNA expression is differentially regulated in mammalian and tick host cells: involvement of the DNA binding protein ApxR. J Bacteriol. 2007,189 (23): 8651-9.