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集菌儀蠕動泵工作原理通俗易懂的理解就像用連兩根手指一段一段捏擠一根裝滿液體的軟管，手指向前滑動的時候，軟管里面的液體也會隨著手指的滑動向前流動。蠕動泵原理就和這個原理一樣，只不過蠕動泵是利用了泵頭里面的滾輪來替代了手指。
通過對泵的彈性輸送軟管交替進行擠壓和釋放來泵送流體。就像用兩根手指夾擠軟管一樣,隨著手指的移動,管內形成負壓,液體隨之流動.集菌儀的蠕動泵就是在兩個轉輥子之間的一段泵管形成“枕”形流體。“枕”的體積取決于泵管的內徑和轉子的幾何特征。
集菌儀蠕動泵流量大小取決于泵頭的轉動速度與“枕”的尺寸大小、轉子每轉一圈產生的“枕”的個數這三項參數之乘積。“枕”的尺寸一般為常量（特殊情況除外，例如 輸送粘度較高的流體）。拿轉子直徑相同的泵相比較，產生較大“枕”體積的泵，其轉子每轉一圈所輸送的流體體積也較大，但產生的脈動度也較大。
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