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離心機的密封問題的處理是各大廠家積極改善的重要問題之一，因為離心機的密封直接影響離心效果、實驗室安全以及離心機噪音等。
 
離心機腔蓋（門）、轉子蓋及離心管帽等都裝有不同粗細和大小的耐油橡膠O型密封圈，其作用是在抽真空過程中阻斷大氣的通道，使容器內保持所要求的真空或大氣壓狀態。離心機離心腔門的密封圈在抽真空過程中，可防止外界大氣壓進入，使腔內保持一定的高度真空。離心機轉子蓋及離心管帽內的密封圈作用正好相反，是為了隔絕離心腔內的真空侵入，使離心機轉子內的壓力與大氣壓相同。如果離心機轉子和管帽密封不好，樣品就會外溢，直接影響實驗結果，也會使用離心管內和轉子內形成負壓，以致管帽和轉子蓋難以打開，可見密封的重要作用。
 
密封圈上常會粘有灰塵等雜物，要經常注意及時擦拭并涂抹真空脂。橡皮圈怕熱，不能加溫，煮沸消毒會使密封圈膨脹變形而破壞。密封圈受壓變形在一定條件下可以恢復，但仍需要避免過大的壓力。
 
一旦離心機離心腔的密封圈密封不好，真空泵會抽出大量帶油霧的空氣，油霧對人們的健康是有害的。