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細菌內毒素（Endotoxin），是革蘭氏陰性菌的細胞壁外壁層上的*結構，它在細菌生長、繁殖過程中，并不分泌到介質中，也不能從外壁層上自然脫落，它不是細菌的代謝產物，當細菌死亡解體后，才顯示出一系列的內毒素生物活性。
細菌內毒素的化學結構是脂多糖和微量蛋白的復合物，脂多糖由三部分組成：O-特異性鏈、核心多糖和類脂A三部分組成。
O-特異性鏈：向外由若干個低聚糖的重復單位組成的多糖鏈，具有特異性。
核心多糖：分為內核心及外核心，外核心由數種單糖，包括葡萄糖、半乳糖、乙酰氨基葡萄糖等組成。內核心含有庚糖及特殊的KDO（3-脫氧-D-甘露糖-辛酮糖）。KDO以耐酸的酮糖鍵與類脂A的氨基葡萄糖連接。所有G-菌都有此結構。
類脂A：位于zui外層，是以脂化的葡萄糖胺二糖為單位，通過焦磷酸鍵組成的一種*的糖脂化合物，具有致熱作用，是革蘭氏陰性細菌內毒素的毒性成分。游離的類脂A可自身凝集成高分子的復合物，其分子量大小不等。游離的類脂A含有疏水性的中心及親水性的邊緣，是一種雙相分子。
內毒素標準品是從大腸桿菌E.ColiO111B4菌株的細胞壁提取精制而成。細菌內毒素工作標準品用細菌內毒素檢查用水溶解后，內毒素的疏水性中心相互結合形成大分子復合體，而難溶于水。《細菌內毒素檢查法》要求“將細菌內毒素國家標準品或細菌內毒素工作標準品用細菌內毒素檢查用水溶解后在旋渦混合器上混勻15分鐘，每稀釋一步均應在旋渦混合器上混勻30秒鐘。" 在旋渦混合器上混勻15分鐘的目的是借助外力破壞這種分子復合體，使內毒素均勻的分布在水溶液中，保證試驗結果的真實準確。如果沒有旋渦混合器或混勻時間不夠，均會導致細菌內毒素分子復合體，這種溶質不能分散在溶媒中，而影響試驗結果的準確性。
