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毛細管離心機的設計原理基于均勻旋轉和沉降速度的不同，通過樣品溶液恒速轉動，使樣品內部的微質量物質在液體中產生相對重量的差異，以此將其分離出來。在毛細管離心機中，提高離心力可使分離更加透徹，但也會增大離心時間。毛細管離心機優點在于內壁平滑，不會阻塞、污染樣品，相對于傳統離心機具有更高的分離效率。

毛細管離心機的實際運用需要注意以下事項：首先應注意選擇合適的毛細管，離心管內不應填充過盛液面，以免離心時液面溢出，同時離心購買后應做好維護保養，及時清洗干凈離心管。為了獲得更好的離心速度和效果，應盡量選擇質量好、離心力大的毛細管離心機設備，以提高離心效率和分離效果。

毛細管離心機實現了細胞和生物分子的高效純化、富集和分離，對于生物醫學、基因工程、分子生物學研究等領域都有著重要的應用和推動作用。隨著技術的不斷發展和改進，毛細管離心機仍將在相關領域得到廣泛應用和持續推廣。