農藥殘留檢測實驗室
　　儀器配置：采用GC-ECD，GC-FPD、GC-NPD、GC-MS、HPLC-UV、HPLC-FLD、LC-MS等。
　　獸藥、漁藥殘留檢測實驗室
　　儀器配置：CE、TLC、ELISA、UV、GC-ECD、HPLC-UV/FID、GC-MS、HPLC-MS等
　　重金屬元素檢測實驗室
　　儀器配置：AAS、AFS、ICP、ICP-MS、LC-AFS等。
　　食品添加劑和非法添加物檢測實驗室
　　儀器配置：主要以高分辨的GC-MS、HPLC-MS為主。
　　致病菌檢驗和微生物鑒定實驗室
　　儀器配置：ELISA、BAX系統、RP系統、SPR以及生物芯片等。
　　生物毒素檢測實驗室
　　儀器配置：采用GC、GC-MS、HPLC、LC-MS等。
　　轉基因農產品檢測實驗室
　　儀器配置：CE、酶標儀、定量PCR儀等。
　　食品品質和營養成份檢測實驗室
　　化學分析實驗室配置：標準分析化學要求的化學分析實驗室。
　　儀器分析實驗室儀器配置：蛋白質測定儀、脂肪測定儀、纖維素測定儀、LC、AAS、NIR、旋光儀、食品品質快速分析儀、氨基酸分析儀等。
　　樣品前處理實驗室
　　儀器配置：固體萃取儀、微波消解萃取儀、加壓快速溶劑萃取儀以及常規附屬儀器設備。