所有的膜系統在停機保存前應進行一次化學清洗，當了解到膜元件（RO反滲透膜）已經存在污染時，先清洗后保存就更為重要。典型的清洗順序如下：以pH=11的溫和堿性清洗液清洗2小時，然后進行殺菌和短時酸洗。如果原水中不含結垢和金屬氫氧化物成份，可以不進行酸性清洗，具體程序請參閱<<系統清洗與消毒>>。
清洗和殺菌之后，按如下步驟在10小時之內進行保存：
1) 趕走壓力容器內的空氣，將元件*浸泡在1~1.5%(wt) 亞硫酸氫鈉保護溶液中。為使系統內的殘留空氣少，應采用循環溢流方式循環亞硫酸氫鈉保護液，使高壓力容器開口處產生亞硫酸氫鈉保護液的溢流。
2) 關閉所有閥門，使系統隔絕空氣。否則，空氣將會氧化亞硫酸氫鈉使保護液失效。
3) 每周檢查一次保護液的pH（PH儀表）值，當pH低于3時，更換保護液；
4) 至少每月更換一次保護液。
在停機保護期間，系統必須處于不結冰狀態，系統環境溫度不得超過45℃ (113℉ )。低溫條件有利于停機保護。
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