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高效液相色譜儀液相系統(tǒng)干擾峰第二個方面是離子對、螯合劑這種難以洗脫的試劑對液相系統(tǒng)的污染。此類污染物多半是由于使用完畢含有離子對、螯合劑之類的流動相后，對系統(tǒng)的沖洗不*所致。此類污染物主要對一些采集波長較低的方法產(chǎn)生干擾，普遍表現(xiàn)是基線噪音大或者干擾峰，但隨著方法的運行會逐漸趨于正常。
高效液相色譜儀液相系統(tǒng)第三個方面是高效液相色譜儀系統(tǒng)滋生細菌。對于系統(tǒng)滋生細菌，多數(shù)讀者可能覺得不可思議，因為液相系統(tǒng)使用完畢都會用有機相沖洗保存。目前很多方法流動相A都是水相，雖然水相每日都會新配制，但如果由濾頭到比例閥這一段管路長時間在水相中就會滋生細菌。高效液相色譜儀隨著時間的運行，梯度洗脫中會逐漸的產(chǎn)生干擾峰。此類問題雖然比較隱蔽，但比較容易解決，只要每日對放置純水相的通道用有機相沖洗即可避免此類問題。
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