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清洗使用過緩沖鹽的高效液相色譜儀色譜柱時最好不要使用100%的水，因為大部分C1s柱并不適合純水的流動相。
使用磷酸鹽鍰沖溶液，盡量避免和乙腈同時使用，因為磷酸鹽在乙腈內溶解度很小。如果一定要使用的話，建議預先手動混合而非在線自動混合。
注意高效液相色譜儀不同檢測器的出口廢液管。因為設計的廢液管同時有穩定流通池壓力的阻尼作用。所以，廢液管不能太短，否則可能引起流通池內壓力不穩而造成基線波動。
同時，注意保持廢液管的暢通，因為不同流通池耐壓不同，VWD40bar,DAD120 bar MWD120 bar FLD20 bar RID Sbar(RID、FLD永遠只能是最后一個檢測器)，堵塞的廢液管可能造成流通池過壓而破裂。
定期清洗溶劑過濾頭（35%濃硝酸浸泡1小時，不建議使用超聲波清洗流動相應經過0.45um或更小孔徑的濾器過濾，如果使用濾膜，注意有機膜與水膜的區別。
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