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液相色譜儀進樣器分手動和自動兩大類，雖然兩者工作模式不同，但使用的要點是基本一致的。
1.液相色譜儀防止交叉污染
自動進樣器最常見的問題是交叉污染，交叉污染產生的原因很直接，樣品殘留在進樣針內外表面，并隨下一次進樣進入色譜系統。要解決交叉污染，主要靠清洗。自動進樣器都會有洗針的功能，如果樣品濃度較高或者是吸附性比較強，一定要打開此功能；如果未打開洗針功能，污染可能已經殘留在了針座或流通閥上，那么這兩個部件需及時超聲清洗。
液相色譜儀出現在自動進樣器上的另外一個問題是峰面積重現性差，考慮可能與自動進樣器吸取樣品有關。首先觀察樣品的液面是不是足夠高，以保證進樣器可以吸到樣品。排除這個問題后，再察看自動進樣器的設置，對于一些粘度大的樣品，要降低自動進樣器的吸取速度。
2.液相色譜儀精細操作
手動進樣器的操作要點大致相同，應使用液相色譜儀專用平頭進樣針，進樣時插針應插到底，不使用時將針頭留在進樣器內，使用前后都要及時清洗。
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