制冷系統的選擇對于真空冷凍干燥機的質量非常重要，其中冷凍式干燥機制冷系統主要是壓縮機和蒸發器的選擇。制冷系統可以說是冷凍式干燥機的核心，在選擇壓縮機的時候還會有水冷式冷凍式干燥機、風冷式冷凍式干燥機和SMD冷凍式干燥機之分。
    一般情況下，水冷式冷凍式干燥機選用全封閉壓縮機為主。因全封閉壓縮機功率小，價格相對便宜；風冷式冷凍式干燥機一般選用半封閉壓縮機為主；風冷式冷凍式干燥機選用半封閉壓縮機，在選用時，也可考慮選用氨制冷壓縮機，因為氨制冷壓縮機功率大，并可一機多用，但安裝及管理比較煩瑣。
    而在冷凍式干燥機蒸發器的選用時，高溫冷凍式干燥機以選用冷風機為蒸發器，其特點是降溫速度快，但易造成冷藏品的水分損耗；中、低溫冷凍式干燥機選用無縫鋼管制作的蒸發排管為主，其特點是恒溫效果好，并能適時蓄冷。冷凍式干燥機在我們的工廠設備中發揮著巨大的作用，特別是對于現在空壓機的工業時代，冷干機很好的對空壓機有著后處理功能的輔助設備，讓空壓機效率更加完善，給我們一個好的工作環境和工作效率。