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青海發光桿菌實驗室質量管理指導原則包括以下幾個方面：人員、培養基、試劑、菌種、環境、設備、樣品、檢驗方法、污染廢棄物處理、檢測結果質量保證和檢測過程質量控制、實驗記錄、結果的判斷和檢測報告、文件等。以下具體介紹微生物實驗室環境要求。
微生物實驗室的整體布局應滿足檢驗人員的工作需求，不得影響檢驗結果的準確性。工作區域與辦公區域應明顯分開，避免環境混亂和污染，以提高青海發光桿菌實驗室操作的可靠性。微生物實驗室應配備獨立的空氣凈化系統，空氣過濾系統應定期維護和更換。溫濕度的控制，壓力等都應符合工作要求。并有相應記錄的保存。
為降低環境交叉污染的風險，微生物實驗室應明確劃分潔凈區域和活菌操作區域，活菌操作區應配備生物安全柜，防止檢驗過程中有害生物因子對人員和環境造成危害。為確保各項工作在專屬區域內進行，降低假陽性和假陰性結果出現的風險,無菌檢查應在B級背景下的*單向流潔凈區域或隔離系統中進行。在無菌區域內不得打開任何出現微生物生長的培養物。青海發光桿菌限度檢查應在不低于D級背景下的B級單向流空氣區域內進行。