制備型液相色譜通常都被認為和大容量色譜柱和高流速有關聯的。然而并不是以設備的大小和系統消耗的流動相的多少來決定制備液相色譜，而是依據分離目的來決定。分析液相的目的是給一種組份進行定量和定性。制備液相的目的是對產品的單體進行提取和純化。與傳統的純化方法（如蒸餾、萃取）比較，制備液相是一種更有效的分離方法，因此被廣泛應用在樣品和產品的提取和純化上。隨著合成、植化、生化和制藥等領域對高純度組份的需求不斷增加，制備型液相色譜儀應用的領域也在迅速的擴大發展。
制備型液相色譜的分離目的是從混合物中得到純物質。為了縮短分離時間和提高分離效率，制備型液相色譜的的進樣品量很大，導致色譜柱的分離負荷相應加大，因此必須加大色譜柱填料，增大柱內徑和柱長，使用的流動相相對增多。然而，當色譜柱上的樣品負載加大時，往往會導致柱效急劇下降而得不到純產品。制備型液相色譜要解決容量與柱效之間的矛盾，對重現性也要考慮。從經濟上來說，要少用填料，少用溶劑，盡可能多的得到產品。
一、樣品的前處理：
制備型液相色譜柱分離的樣品多，比分析型液相色譜柱更容易受污染，樣品前處理非常必要。
二、TFA在緩沖液中的作用：
1、TFA起到類似離子對的作用，一般濃度在0.05%～0.1%。濃度過高會使溶液偏酸，長時間使用可能影響色譜柱壽命。
2、TFA可抑制硅膠表面的硅醇基，改善堿性化合物的峰形。若0.1%TFA分離不好，可加大濃度到0.2%，但用完后要及時沖洗色譜柱。
3、走梯度時走成基線漂移，但對制備影響不大。
三、降低柱壓的方法：
采用1%乙酸水溶液和甲醇二元梯度。
四、提高檢測下限的方法：
1、如果是等度洗脫，一定要改成單元等度。
2、盡量采用乙腈－水系統洗脫。乙腈紫外吸收小，相同條件下噪音小。
五、用水要求：
不含金屬離子和細菌。
六、分析方法開發中流動相的調整原則：
1、由強到弱：
一般先用90%的乙腈或甲醇－水或緩沖溶液進行試驗，可很快得到分離結果，然后根據出峰情況調整有機溶劑（乙腈或甲醇）的比例。
2、三倍規則：
每減少10%的有機溶劑（乙腈或甲醇）的量，保留因子增加約3倍，此為三倍規則。調整時注意觀察各個峰的分離情況。
3、粗調轉微調：
當分離達到一定程度時，應將有機溶劑（乙腈或甲醇）10%的改變量調整為5%，并據此規則逐漸降低調整率，直至各組分的分離情況不再改變。
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