作為生物反應器的轉基因動物可無限擴繁，且飼養成本低，可進行大規模的藥物生產。而動物細胞生物反應器，雖然能生產具有生物活性的產品，但以商業生產為目的的大規模的動物細胞培養，成本會高且培養條件要求苛刻。 由動物生物反應器生產的藥品為純的生物制品，避免了化學試劑及生物毒素的污染。目前，某些藥用蛋白生產已達每千克乳汁含幾十克，生物活性與天然蛋白幾乎一樣，極易提純。總之，動物生物反應器彌補了其它各類基因表達系統的缺陷。
生物反應器應用：
1.改良乳汁品質；
2.生產藥用蛋白。
3.外源基因在動物體內的位點整合問題；
4.乳蛋白基因表達組織特異性問題；
5.目的蛋白的翻譯后修飾問題；
6.轉基因表達產物的分離和純化問題；
7.轉基因的技術與方法問題。
