存在問題近紅外光譜分析技術現階段已相對成熟，各種不同類型和型號的近紅外分析儀在市場上都有銷售，但是分析儀器的價格相對較高，尤其是傅立葉變換型（如美國Nicolet 公司）、光柵掃描型（丹麥 Foss 公司）等高精度分析儀，普通商業用戶難以承受，無法大面積推廣。所以如何降低儀器研制成本并保持足夠的分析精度是研究人員關心的主要問題之一。
濾光片型近紅外光譜分析儀成本相對較低，而且定標模型的長期穩定性較好以及儀器的操作和維護很方便，但由于濾光片有限，難以應對復雜樣品,該型儀器研制中定標模型的優選以及同型號儀器間定標模型的轉移問題一直以來是近紅外工作者討論的熱點。
近紅外光譜分析儀器的定量分析精度除了與自身的信噪比及穩定性有關外，參考理化分析方法的精度也直接影響了定標模型所給出的測量結果精度，所以如何進一步提高理化參考分析方法的精度以提高儀器測得的近紅外光譜吸光度數據與理化分析值的相關性需要等待理化學科的發展。
盡管化學計量學的發展成功地解釋了定標模型波長通道信息與物質化學信息之間相關性，同時對定標數據的前處理提高了模型的穩定性和精度，但是與直接采用光譜數據 Log(1/R)所計算得到的結果相比較精度提高較小而且極大地增加了數據處理的復雜性，所以只有通過對物質與光作用機制的進一步研究和理解來從根本上解決物質成份光譜之間以及外界因素對定標模型的干擾問題。
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