1.故障現象：調諧參數改變時, 調諧峰強度的變化滯后
氣相質譜色譜聯用儀產生故障的可能原因及排除方法：
a.離子源被污染，排除方法是對離子源依次用甲醇、丙酮超聲清洗各15min；
b.預四級桿被污染，排除方法是對預四級桿依次用甲醇、丙酮超聲清洗各15min；
c.離子源部件未安裝到位，電路未接通，排除方法是將離子源拆下，重新安裝。
2.故障現象：調諧質譜儀時，需要過高的離子能量和推斥電壓
氣相質譜色譜聯用儀產生故障的可能原因及排除方法：
a. 高離子能量過高是由于離子源被污染，推斥電壓過高是預四級桿、四級桿被污染，排除方法是對離子源、預四級桿、四級桿依次用甲醇、丙酮超聲清洗各15min及保養維護；
b. 質譜儀調諧未達到*狀態，排除方法是重新調諧質譜儀。
3.故障現象：調諧參數改變時，儀器響應不明顯
氣相質譜色譜聯用儀產生故障的可能原因及排除方法：離子源短路或電路未接通，排除方法是取出離子源, 用萬用表測量各部件間的電路連接是否正常。
4.故障現象：調諧峰的形狀不好，有肩峰
氣相質譜色譜聯用儀產生故障的可能原因及排除方法：
a.質譜儀調諧未達到*狀態，排除方法是重新調諧質譜儀；
b.離子源被污染，排除方法是對離子源依次用甲醇、丙酮超聲清洗各15min；
c.分析器有缺陷或損壞，排除方法是檢查分析器外觀是否有缺陷或損壞。
5.故障現象：調諧時，無參考峰出現
氣相質譜色譜聯用儀產生故障的可能原因及排除方法：
a.參考標樣全氟只丁氨瓶中無參考標樣，排除方法是添加參考標樣全氟硯丁氨于質譜儀內置的參考樣瓶中；
b.參考標樣的管路被堵塞，排除方法是拆下管路，用丙酮超聲清洗；
c.空氣泄漏，排除方法是檢查空氣峰m/z 28的高度，若大于10%氦氣峰m/z 4的高度，表明有空氣泄漏，用注射器將丙酮滴在各接口處，通過觀察丙酮的分子離子峰m/z 58的強度變化, 進一步查明泄漏的確切位置。
6.故障現象：氣相質譜色譜聯用儀出現不規則、粗糙的調諧峰
氣相質譜色譜聯用儀產生故障的可能原因及排除方法：
a. 離子源被污染，排除方法是對離子源依次用甲醇、丙酮超聲清洗各15min；
b. 燈絲老化，排除方法是更換燈絲；
c.質譜儀調諧未達到*狀態，排除方法是重新調諧質譜儀。
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