PCR技術的基本原理類似于DNA的天然復制過程，其產物的生成量是以指數方式增加，能將皮克(pg）量級的起始待測模板擴增到微克（μg）水平。可以從100萬個細胞中檢出一個靶細胞；在病毒的檢測中，PCR的靈敏度可達3個RFU(空斑形成單位）；在細菌學中最小檢出率為3個細菌。所以無論是化石中的古生物，歷史人物的殘骸，還是案發現場殘留的毛發皮膚或血液，都能用PCR加以放大進行比對，這也是“微量證據"的威力所在。但是從各種生物檢材中提取的DNA，其中多含有能干擾PCR的抑制物，是DNA檢測失敗的重要原因之一。PCR抑制物的來源包括內源性與外源性兩種。

1.內源性

天然存在標本中的組成成分。如：免疫球蛋白IgG、蛋白酶、血紅蛋白及其代謝產物、血紅蛋白中的乳鐵蛋白、肌紅蛋白、脂類、黏蛋白、尿素、離子、膽鹽、多糖等。

2.外源性

外部引入的抑制物。如：腐殖酸化合物、肝素抗凝劑、纖維素和硝酸纖維素、手套滑石粉、標本容器或采樣器材上含有的抑制物。

常見的PCR抑制物有：

SDS:離子去污劑，0.01%即可完-全抑制PCR反應，0.005%可顯著降低產量

苯酚:0.5%即可完-全抑制PCR反應，0.2%可顯著降低產量

乙醇:大于1%的濃度可抑制PCR反應，但在某些體系里又能增加產量

異丙醇:抑制作用比乙醇稍強

乙酸鈉:大于5mM時抑制PCR反應

氯化鈉:大于25mM時抑制PCR反應（生理鹽水無影響）

EDTA:0.5mM可使PCR產物減少，1mM完-全沒有PCR產物

血紅素（heme）-來源：血液，大于1mg/ml抑制PCR反應

氯高鐵血紅素（hemin）：大于0.1ng/μl抑制PCR反應

丹寧酸（tannic acids）：大于0.1ng/μl抑制PCR反應

肝素：大于0.15IU/ml抑制PCR反應

尿素-來源：尿，大于20mM時產生抑制

腐殖質-來源：土壤，植物材料，自然界水

植物多糖-來源：糞便，植物多糖

聚苯乙烯，聚丙烯-來源：紫外線照射塑料管

膽酸鹽-來源：糞便

膠原質-來源：組織

靛青染料-來源：粗斜紋棉布，牛仔褲

蛋白酶-來源：牛奶

鈣離子-來源：牛奶，骨頭

鐵離子-來源：血液

二甲苯胺

溴酚蘭

膽紅素（bilirubin）

PCR抑制物中大部分的作用機制尚不完-全清楚，但基本可以歸為以下幾種情況：

1.抑制 DNA 聚合酶的活性：有研究顯示，血紅蛋白、蛋白酶、尿素、多糖等物質對PCR的影響，主要是通過對DNA聚合酶的抑制，使聚合酶降解、變性、活性區域失活，影響聚合酶與引物、模板結合。

2.阻礙樣本 DNA 模板與引物結合：腐殖酸化合物包含許多羧基和羥基，具有與 DNA 磷酸骨架中的磷酸基團相似的物理化學性質，會影響模板 DNA 與引物的結合，阻礙鏈的延伸。

3.形成引物二聚體和使離子濃度改變:Mg2 + 是 DNA 聚合酶的激活劑，而標本中的抑制物也會對 Mg2 + 濃度產生影響，當 Mg2 + 濃度高達 0. 015mol /L 時，可降低擴增的特異性，抑制 DNA 聚合酶。

4.干擾核酸提取過程中的細胞裂解：細胞裂解，核酸釋放使得核酸與酶作用產生擴增。如果細胞裂解不完-全，核酸釋放不完-全，就不會產生擴增。

5.降解或包裹核酸：微生物如細菌產生的限制性內切酶是一個降解DNA的因素。有些細菌的DNA酶屬于熱穩定的核酸酶，在擴增中期可水解基因組和引物DNA。核酸和引物也因為其不能與DNA聚合酶結合而出現不擴增。如蛋白質、多糖、細胞碎片、脂類等對PCR的抑制作用，很可能就是通過對DNA的物理包裹作用而使其不能與聚合酶接觸。

6.其他：乳膠手套上滑石粉對PCR擴增影響可能會通過其對DNA的非特異結合作用進行的，因為DNA可結合至玻璃、二氧化硅等上，這也是采用硅吸附方法提取核酸的基本原理。另外高血脂會導致熒光猝滅，使得熒光信號強度降低。血液中高IgG 對 PCR 反應抑制機制是與單鏈 DNA 相互作用，使得靶 DNA 不能與 DNA 聚合酶相互作用，當樣本加熱處理時，這種抑制作用會加強。

PCR抑制物的處理

了解了PCR抑制物之后，我們要如何減少這些抑制物對結果的影響呢？

1.去除PCR抑制物；

2.增加靶核酸濃度，使其能達到特定PCR的測定范圍；

3.增加樣本的均一性，以保證測定的精密度和重復性。

4.稀釋模板 DNA

5.添加 DNA 聚合酶

6.其 他：用氫氧化鈉處理 DNA 模板，添加交聯聚乙烯吡咯烷酮、甜菜堿、硫酸胺鋁，采用離子交換柱分析技術、免疫分析技術、凝膠電泳分離技術、磁珠雜交捕獲技術等。