在離子交換過程中保持pH的恒定是十分重要的，正如前面討論過的，pH的改變會造成蛋白質帶電荷數量和分布狀況發生變化，從而直接影響到蛋白質是否能結合在交換劑上以及結合力的強弱。因此，在離子交換色譜中流動相必須使用緩沖液。
緩沖液的種類很多，能夠起緩沖作用的物質可分為兩類：第一類是由弱酸（或弱堿）及相應的鹽構成的系統；第二類是兼性離子化合物。對于第一類緩沖物質，在進行離子交換時，如果緩沖離子所帶的電荷與離子交換劑上的功能基團相反，將參與離子交換過程，并可能對局部pH產生影響，因此應盡可能采用與功能基團帶同種電荷的緩沖離子，即：使用陰離子交換劑時選擇帶正電荷的緩沖離子；使用陽離子交換劑時選擇帶負電荷的緩沖離子。
當然這也并不是絕對的，比如磷酸鹽緩沖液也經常在陰離子交換過程中被采用，但在這種情況下應特別注意在上樣前充分平衡，確保色譜系統的pH和離子強度與起始緩沖液一致。第二類緩沖物質在陰、陽離子交換中均能采用。表1和表2分別列出了陽離子交換色譜和陰離子交換色譜時常用的緩沖液。
在離子交換過程中雖然可以除去很多雜蛋白，起到純化效果，但目的蛋白的洗脫峰中必然含有大量緩沖物質和鹽的成分，這些成分的引入對于目的蛋白來說本身也是一種雜質。特別在色譜后需對洗脫峰進行冷凍干燥，以得到純蛋白樣品時，在凍干后的粉末中往往絕大部分是緩沖物質和鹽。如果在凍干前進行脫鹽或透析操作，雖然可以基本除去這些雜質，但也有可能造成蛋白活性的回收率下降。此時應優先考慮采用揮發性的緩沖物質，這樣在凍干階段可以將這部分雜質除去，常見的揮發性緩沖物質列于表3。
? Q /SP/DEAE/CM Tanrose FF
快流速瓊脂糖基架離子交換介質
? Q/SP Tanrose HP
高分辨率瓊脂糖基架離子交換介質
? Q/SP Tanrose XL
高載量瓊脂糖基架離子交換介質
? Q/SP Tanrose BB
大顆粒瓊脂糖基架離子交換介質
? DEAE/CM Tandex
葡聚糖基架離子交換介質
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