蛋白質(zhì)亞細胞定位系統(tǒng)的生物分子質(zhì)譜成像（MSI）技術(shù)已成功用于直接分析生物組織切片．不僅避免了繁瑣的樣品提取、純化和分離步驟，而且能夠獲取生物組織中蛋白質(zhì)和多肽表達譜。并繪制二維質(zhì)譜圖像。質(zhì)譜成像技術(shù)不需要預(yù)知蛋白的種類，不要要抗體標記，甚至不需要熒光染色，就能鑒定出未知的蛋白質(zhì)．

目前蛋白質(zhì)亞細胞定位系統(tǒng)已廣泛用于生理和病理組織中蛋白質(zhì)的表達以及其他分子標志物的發(fā)現(xiàn)。這一方法能夠使HE染色與質(zhì)譜成像（MSI）的結(jié)果很好地關(guān)聯(lián)起來。

蛋白質(zhì)是基因功能的主要執(zhí)行者,對蛋白質(zhì)功能進行研究是基因組學(xué)研究領(lǐng)域的重中之重。然而,每種亞細胞為蛋白質(zhì)行使特定功能提供了場所,蛋白質(zhì)只有轉(zhuǎn)運到其相應(yīng)的的亞細胞中,才能正確的發(fā)揮作用,支持生命活動健康有序的進行,否則,將會造成機體功能紊亂,甚至威脅到生命健康。因此,對蛋白質(zhì)所處的亞細胞位點進行研究預(yù)測是研究蛋白質(zhì)功能的基礎(chǔ),同時也為研究某些疾病的發(fā)病機理以及研制針對疾病的新藥物提供了研究理論基礎(chǔ)。生物信息學(xué)和基因組學(xué)的快速發(fā)展,使實驗所得數(shù)據(jù)庫中蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)以幾何方式倍增,研究由原來運用傳統(tǒng)方式逐漸開始改用生物信息學(xué)的手段進行處理海量數(shù)據(jù)。而且,由于很多實驗數(shù)據(jù)表明30%以上的蛋白質(zhì)可以同時位于多個亞細胞位置或者在多個亞細胞間游走,研究也由對蛋白質(zhì)亞細胞進行單位點預(yù)測轉(zhuǎn)變?yōu)槎辔稽c預(yù)測。因此,運用生物信息學(xué)的手段進行多位點蛋白質(zhì)亞細胞定位預(yù)測是目前研究的熱門方向。采用生物信息學(xué)的方法進行多位點蛋白質(zhì)亞細胞定位預(yù)測通常分為四步:一是構(gòu)建有效的多位點蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集;二是對構(gòu)建的數(shù)據(jù)集進行全面有效的特征提取;三是分類器的選取,由于多位點蛋白質(zhì)亞細胞定位預(yù)測是一個典型的多標記學(xué)習(xí)問題,因此選用合適的多標簽分類算法是研究預(yù)測的關(guān)鍵一步;四是對預(yù)測算法的評估,通過預(yù)測結(jié)果評估分類算法的好壞。