色譜柱是有一定壽命的，為了降低分析成本，我們都會盡量延長色譜柱的使用壽命。有專家曾對色譜柱的使用壽命做過調查，在2011年的時候，約有四分之一接受調查的用戶色譜柱的使用壽命在500針以上，并且接受調查的用戶中有接近一半的用戶進樣次數超過了1000次，而進樣次數不到500的用戶不到30%。調查結果顯示，從1997年到2011年，進樣次數超過500次和超過1000次的用戶比例是逐年增加的，相反小于500次的用戶比例則是下降的。造成這種情況的原因可能有兩方面，一方面是柱子裝填工藝的改進，另一方面則是操作人員對柱子的使用和保護，而后者可能起的作用更大。
那么作為分析人員我們怎么保護色譜柱呢?
首先樣品要經過前處理，前處理過程中對樣品中不需要的化學物質和微型顆粒去除的越好，對柱子壽命的延長就越有利。經過前處理的樣品在進樣之前要經過微孔濾膜過濾，經常使用的濾膜有0.45 um和0.2 um兩種，根據使用的色譜柱選擇不同孔徑的濾膜，濾膜的孔徑不大于色譜柱進口篩板的孔徑，我們經常使用的濾膜為0.45um。在進樣前離心也可以去除微型顆粒，并且有實驗證明，這種方法在沉淀蛋白樣品時，效果更好。
使用在線過濾器，在進樣器和柱子或保護柱之間連接一個在線過濾器，可以將過濾未除掉的微粒攔住，以免進入色譜柱。當系統壓力增加時，可以優先考慮在線過濾器的堵塞，出現這種情況，根據所進的樣品使用相應的試劑超聲處理，若不能解決問題，則更換。
使用保護柱。保護柱裝在分析柱之前，與分析柱的填料一致，一方面保護柱可以除去可能堵塞分析柱的顆粒物質，另一方面保護柱可以吸附對分析柱有強烈吸附或者不可逆吸附的物質，延長分析柱的壽命。當然，保護柱也是有一定壽命的，這就需要衡量一下使用保護柱是不是有意義。
在裝填技術已經成熟的情況下，柱子壽命的差別更多的取決于使用者對柱子的使用和維護。樣品經過前處理后過濾或離心，在進色譜柱前經過在線過濾器和保護柱。同時，在每次進樣結束后，使用強溶劑沖洗柱子，出去柱子上的強保留物質，也能延長色譜柱的壽命。
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