厭氧反應器啟動關鍵在于接種污泥、水質水量控制和溫度調節。接種污泥要選擇活性高、沉降性能好的，比如污水處理廠消化池的厭氧污泥，接種量一般為反應器有效容積的 10% - 30% 。
啟動初期，水質水量需嚴格控制。進水 COD 濃度不宜過高，控制在 1000 - 3000mg/L，避免沖擊厭氧微生物。采用低負荷進水，逐漸增加水量，水力停留時間（HRT）從 24 - 48 小時開始，隨著微生物適應，逐步縮短 HRT。
溫度對厭氧微生物影響大，中溫厭氧一般控制在 35 - 38℃，高溫厭氧控制在 50 - 55℃。可通過加熱系統維持溫度穩定，偏差控制在 ±1℃。同時，監測 pH 值、堿度和揮發性脂肪酸（VFA），pH 值保持在 6.8 - 7.2，堿度在 1000 - 3000mg/L（以碳酸鈣計），VFA 濃度小于 300mg/L，確保厭氧反應器穩定啟動，微生物快速適應新環境，發揮高效處理能力。
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