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別藻藍蛋白是從藍綠藻中分離純化的，能發出強烈的熒光、具有很好的吸光性能和很高的量子產率的藻膽蛋白，在可見光譜區有很寬的激發及發射波長范圍。是用于生物學檢測的超靈敏熒光染料，它們比傳統的有機熒光團靈敏度高 100 倍。用常規的標記方法可以很方便地將其與生物素、親和素和各種單克隆抗體以及蛋白質結合起來制成熒光探針，用于熒光顯微檢測、熒光免疫測定、雙色或多色熒光分析、癌細胞表面抗原檢測、流式細胞熒光測定等抗體熒光標記以及活體成像應用等診斷及生物工程技術。

結構：分子結構為通過硫醚鍵連接的載體蛋白與開鏈線性延展的四咯化合物。

分子量：約 104,000 道爾頓

組成：蛋白的亞基組成為(alpha-beta)3。 每個 alpha-亞基和 beta-亞基約 17,000 道爾頓。

純度： Amax/A280 > 5.0

大吸收峰：652；±2 nm

熒光發射峰：662；±2 nm

形態： 藍色沉淀，保存于 60% 硫酸銨溶液中。