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臺式電鏡正在食品質量控制和食品安全當中發揮著越來越重要的作用。
　　
　　掃描電鏡能夠揭示顯*質和顆粒的變化信息，這些變化對于食品的結構性質會產生影響。掃描電鏡所能獲取的信息包括化學成分、形態及污染物鑒定。掃描電鏡常常和X射線能譜儀(EDS)聯用來進行Mapping及污染分析。SEM產生的信號信息包括二次電子和背散射電子，二次電子成像能夠獲取樣品表面的高分辨率圖像，分辨率一般小于1nm。背散射電子成像對于提供樣品中不同元素的分布信息是特別有用的，因為背散射電子信號的強度與樣品的原子數密切相關。
　　
　　先前，大多數臺式電鏡都是低真空儀器，因為許多材料都是非導電、真空敏感和電子束敏感的。此外，早期的臺式電鏡只有一種加速電壓，因此限制了分辨能力。目前，隨著技術的進步，臺式電鏡可以提供3種不同的加速電壓，具備低真空和高真空模式，可以檢測二次電子和背散射電子。這些特征使得用戶可以使用臺式電鏡分析范圍更廣的樣品，并獲取高分辨率的圖像，技術的進步對于食品分析也帶來了特別的優勢。例如，利用新型臺式電鏡分析花生醬可以揭示樣品的形態特征，如花生大小的一致性，或罐裝產品中的氣孔。
　　
　　試樣的大尺寸和可移動范圍是同等重要的因素。普通的掃描電鏡可以用來分析和鞋子一樣大的樣品。早期的臺式電鏡僅僅可以分析直徑不超過25mm的樣品，但是新型臺式電鏡能夠容納直徑達70mm、厚度達50mm的樣品。隨著對樣品尺寸限制的減小，臺式電鏡可分析的樣品種類也有很多了，并減少了樣品制備的時間。儀器制造商也提供了更大的樣品移動范圍，允許儀器操作人員控制樣品臺在X/Y軸方向的移動，以便能夠觀察到更大的樣品區域。
　　
　　在食品分析領域，食品包裝分析依然是一個十分重要的組成部分，并且顯微鏡是分析食品包裝材料的常用工具，并經常結合其他技術來檢測缺陷，包括分析包裝罐的腐蝕、泄露，或分析多層膜材料。由多層膜材料組成的塑料包裝經常依靠熱封技術來封裝產品。科學家能夠利用偏光顯微鏡和傅里葉變換紅外光譜及熱臺技術來分析不同的膜層。利用掃描電鏡分析包裝材料，能夠放大觀察其微觀性質的變化，以及對包裝性質產生影響的顆粒。目前臺式電鏡能夠提供從10倍到6萬倍的放大倍數，分辨率在30nm。
　　
　　對樣品本身所含的元素進行鑒定及污染物質的鑒定同樣重要。X射線能譜儀(EDS)到目前還只能在普通電鏡上使用，當前臺式電鏡*整合了硅漂移探測器(SDD)，能夠進行元素分析。用戶只要按一個按鈕，就能獲得元素定量分布圖，生成光譜數據和檢測相對濃度變化。這些功能使科學家能夠充分分析他們的樣品并立即獲取結果。在食品分析領域，EDS是鑒定產品當中無機元素的有力工具，并在檢測物理污染物方面頗具優勢。
　　
　　質量控制實驗室進行快速、定性觀察的能力對于提率關重要。對于所有的材料和食品，任何在形態上的微小變化，都會影響產品的流變性和效用。目前臺式電鏡性能的提升使質量控制實驗室能夠快速準確的在各種環境條件下進行樣品成像，使得科學家能夠立即進行質量評估，節省時間和成本。在分析監測中收集的數據可以馬上用來改進制造工藝，防止今后發生類似的問題。