基質輔助激光電離質譜儀是一種分離和檢測不同同位素的分析儀器，它用高能電子流等轟擊樣品分子，使該分子失去電子變為帶正電荷的分子離子和碎片離子。這些不同離子具有不同的質量，質量不同的離子在磁場的作用下到達檢測器的時間不同，其結果呈現為質譜圖，根據質譜圖可定性和定量分析樣品分子組成。
基質輔助激光電離質譜儀的其他優勢包括：
融合的四極桿、線性離子阱和質譜分析儀技術，可采集豐富的單樣品MSn數據。
方法編輯器模板具有配置齊全的實驗參數，可直接使用，也可以根據需要進行修改。
深度表征掃描法能通過可辨識的片段輕松、智能地發現更多化合物，從而提高您的分析能力。
能通過CompoundDiscoverer軟件、質譜解析軟件和可用的mzCloud譜庫對已知的未知分析物和未知的未知分析物進行可靠的鑒定和結構解析（用于基于LC/MS的結構解析）。這包括MSn質譜樹的生成、計算機模擬片段化和前體離子指紋識別。
利用mzLogic算法以一種方式將譜庫相似性搜索與化學數據庫結合起來，以鑒定真實未知物的候選物。
基質輔助激光電離質譜儀的主要應用：
1.具有MALDI組織質譜成像功能，適用于組織切片原位分析，像素點大小10-100µm，可調成像采集速度：≥50像素點/秒，具有超高的成像質量，可進行完整的組織學分析；
2.適用于高通量的蛋白質組學研究，包括蛋白質測定，多肽序列分析，蛋白質翻譯后修飾鑒定，蛋白質相互作用和自上而下蛋白質序列分析等研究；
3.適用于蛋白表征，二硫鍵和三硫鍵檢測，糖基化分析；
4.適用于各種同位素標記的生物標識物定量分析；
5.適用于合成化/聚合物的表征。
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