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聲波細胞粉碎機嚴禁在變幅桿未插入液體內(空載)時開機，否則會損壞換能器或超聲發生器。
2．對各種細胞破碎量的多少，時間長短，功率大小，有待用戶根據各種不同細胞再摸索確定，選取值。此儀器輸出功率較大，如選用Ф2、Ф3、或Ф6變幅桿時，應把功率調得小些，以免變幅桿過載而斷裂。(Ф2、Ф3<300W，Ф6<700W)
3．變幅桿選擇開關的使用
變幅桿選擇開關是用來匹配不同規格的變幅桿與發生器的頻率，阻抗的一致性，如換能器組件的頻率與發生器的阻抗不一致時超聲波就不能工作。JY系列新儀器或新配變幅桿時，選擇開關應打在對應的位置，當變幅桿磨損后可撥動開關至超聲工作正常為止，此時檔位與變幅桿規格不一定對應。
4．功率表顯示的數值與電壓、變幅桿插入液面深度及負載與被破碎樣品的濃度、稠度有關，電壓低于220V，變幅桿插入液面較深，負載濃度較大，顯示數值可能要稍小，反之稍高(此數據為模擬參數，顯示值的大小不影響超聲波發射的實際功率)。

5．本機不需預熱，使用應有良好的接地。
6．在超聲破碎時，由于超聲波在液體中起空化效應，使液體溫度會很快升高，用戶對各種樣品的溫度要多加注意。建議采用短時間(每次不超過5秒)的多次破碎，同時可外加冰浴冷卻或選配本公司的低溫循環泵。
7．超聲波細胞粉碎機采用無工頻變壓器開關電源，在打開發生器機殼后切勿亂摸，以防觸電。本儀器性能可靠，一般不易損壞。
8．實踐表明：短時間的多次工作，工作時間1-2秒，間隙時間1-2秒，比連續長時問工作的效果要好，為防止液體發熱，可設定較長的間隙時間。另外，不間斷長時間工作容易形成空載，縮短儀器的使用壽命。