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1、按用途可分為：小體積樣品全自動固相萃取儀和大體積樣品全自動固相萃取儀
小體積樣品指食品、藥品等樣體，體積量一般在50ml以下;而大體樣品主要指水樣，一般是200ml量以上。市面上現有的全自動固相萃取儀也是通過樣品量的體積不同而設計。
2、按原理分可分為柱萃取和膜萃取全自動固相萃取儀
膜萃取主要為大體積水樣而設計的，膜萃取速度快是其優點，而且不容易堵塞，但是單個樣品的處理成本較柱萃取高。
3、按通道分可分為單通道和多通道固相萃取儀
其中聚同電子系列的固相萃取儀分為普通固相萃取儀和全自動固相萃取儀，通道數普通固相分為12/24通道，全自動固相風味6/8通道
通常通道數量越多，在處理大批量樣品時，就可以節約更多的時間，特別是上樣的時間。