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相較于其他類型的ELISA實驗，直接ELISA實驗步驟少，檢測速度快，不需要用到二抗，避免了交叉反應，檢測結果不容易出錯，但是由于直接ELISA的抗原不是特異性固定的，樣本中的靶蛋白及其他雜質蛋白都會與ELISA版結合，實驗背景會比較高，而且直接ELISA每種靶蛋白都需要準備能夠與其特異性結合的一抗，實驗不太靈活。另外由于沒有使用二抗，信號沒有被放大，降低了測定的靈敏度。

將抗原固定于ELISA班上，隨后分兩步進行檢測：首先加入檢測抗體于抗原特異性結合，隨后加入酶標二抗檢測并利用底物顯色。

于直接ELISA相比，間接ELISA用到酶標二抗，具有更高的靈敏度，也需要更少的標記抗體，更經濟，間接ELISA還提供了更大的靈活性，

缺點：存在交叉反應的可能性（酶標二抗直接與抗原結合），可能會增加背景，同時與直接ELISA相比，間接ELISA實驗多了二抗孵育的步驟，實驗周期延長。

競爭ELISA相對以上的三種方法更復雜一些，但以上三種ELISA類型都適用于競爭ELISA的形式，其主要有點在于可檢測不純的樣品，且數據再現性高，但存在整體敏感性和專一性較差的問題。