賽默飛離子阱質譜技術具有較好的靈敏度、準確度，能準確測定蛋白質。目前質譜主要測定蛋自質一級結構包括分子量、肽鏈氨基酸排序及多肽或二硫鍵數目和位置，在對蛋白質結構分析的研究中占據了重要的地位。質譜有進樣器、離子源、質量分析器、離子檢測器、控制電腦及數據分析系統等組成。傳統的質譜僅用于小分子揮發物質的分析，但隨著新的離子化技術的出現，如基質輔助激光解析電離飛行時間質譜和電噴霧電離質譜等，各種質譜技術的出現為蛋白質分析提供了一種新的且準確快速的途徑。
賽默飛離子阱質譜的工作原理：
離子阱由一對環形電極和兩個呈雙曲面形的端蓋電極組成。在環形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的高值，離子進入不穩定區，由端蓋極上的小孔排出。因此，當射頻電壓的高值逐漸增高時，質荷比從小到大的離子逐次排除并被記錄而獲得質譜圖。離子阱質譜可以很方便地進行多級質譜分析，對于物質結構的鑒定非常有用。
用于質譜分析蛋白質的方法主要有三種：肽質量指紋圖譜法、串聯質譜法和梯形肽片段測序法。
1、肽質量指紋圖譜：
即用特異性的酶解或化學水解的方法將蛋白質切成小的片段，然后用質譜檢測各產物肽的相對分子質量，將所得的蛋白酶解肽段質量數在相應的數據庫中檢索，尋找相似肽指紋譜，從而繪制“肽圖”。由此可見，分子質量的度是PMF的關鍵指標所在，但蛋白質的翻譯后修飾可能使PMF的質量數與理論值不符，故這就需要與序列信息適當結合。
2、串聯質譜法：
是利用待測分子在電離及飛行過程中產生的亞穩定離子，通過分析相鄰同組類型峰的質量差，識別相應的氨基酸殘基。串聯質譜的肽序列圖需要讀出部分氨基酸序列與前后的離子質量和肽段母質量相結合，這種鑒定方法稱為肽序列標簽(PST)。
3、梯形肽片段測序法：
與Edman法有相似之處，是用化學探針或酶解使蛋白或肽從N端或C端逐一降解下氨基酸殘基，產生包含僅異于1個氨基酸殘基質量的系列肽，名為ladder，經質譜檢測，由相鄰肽峰的質量差而得知相應氨基酸殘基。其中的問題是由于酶解速度不一，易受干擾。
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