PCR儀的基本原理類似于DNA的天然復制過程，其特異性依賴于與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。PCR由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成。維護：
1．清洗樣品池：先打開蓋子，用95%乙醇或10%清洗液浸泡樣品池5min，再清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液體，再借助棉簽吸干剩余液體；打開PCR儀，設定保持溫度為50℃的PCR程序并使之運行，讓殘余液體揮發，一般5-10min即可。
2．清洗熱蓋：對于熒光定量PCR儀，當熒光污染出現且污染不是來自樣品池時，或當有污染或殘跡物影響到熱蓋的松緊時，需要用壓縮空氣或純水清洗墊蓋底面，確保樣品池的孔干凈，無污物阻擋光路。
3．清洗儀器外表面：可除去灰塵和油脂，但達不到消毒效果，建議選擇沒有腐蝕性的清洗劑對儀器外表面進行清洗。
4．更換保險絲：先將PCR儀關機并拔去插頭，打開電源插口旁邊的保險盒，換上備用的保險絲，觀察是否恢復正常。
5、PCR反應過程的關鍵是升、降溫過程的時間控制，要求越短越好，當PCR儀的降溫過程超過60s，就應該檢查儀器的制冷系統——風冷制冷的PCR儀要清理反應底座的灰塵，其他制冷系統應檢查相關的制冷部件。
