凍干技術憑借其它干燥方法*的優點，越來越受到人們的青睞，目前已經廣泛應用于醫藥、生物制品、食品、活性物質等各大領域，其應用規模還在不斷快速擴大，真空冷凍干燥必將成為21世紀的重要應用技術。
（1）凍干技術在生物制品方面的應用
a.活菌菌苗。例如卡介苗、流腦菌苗、結核菌苗、口服痢疾活菌苗、沙門氏菌、鏈球菌等。
b.火毒疫苗。例如麻疹疫苗、流感疫苗、狂犬疫苗、雞瘟疫苗等。
c.其它生物制品、生化藥品。乙肝表面抗原診斷雪球、人白細胞干擾素、輔酶A（CoA）、三磷酸腺苷（ATP）、尿激酶等。
（2）凍干技術在西藥生產中的應用
多為針劑，以抗生素藥、循環器官用藥、中樞神經用藥、維生素類和腫瘤藥物為多。例如氨芐青霉素、利菌沙(琥乙紅霉素片)等。
（3）凍干技術在中藥生產中的應用
近幾年開始用凍干法加工中成藥，將配制好的中成藥，經過浸漬、提取、過濾、濃縮、凍干后再制成粉劑、片或針劑。
（4）醫療方面的應用
利用凍干技術可以長期保存血液、動脈、骨骼、皮膚、角膜和神經組織等各種器官。凍干時細胞未被破壞，復水后生物體又能復活。例如凍干骨骼可以儲存在室溫或冰箱內長達2年。
（5）食品的凍干，采用凍干加工的食品有：
a.烹飪原料：肉、蛋、魚、蔬菜等。
b.食品工業用原料：奶粉、蛋粉、植物蛋白粉、茶葉、干果、肉粉、豆粉等。
c.飲料類：咖啡、果珍等。
d.補品類：花粉、蜂雛粉、鱉粉等。
（6）凍干技術其它應用：
a.微生物和藻類方面：如各種細菌、酵母、酵素、原生動物、微細藻類等的長期保存。
b.生物標本、生物組織方面：如制作各種動植物標本，干燥保存用于動物異種或同種移植的皮膚、骨骼、主動脈、心瓣膜等邊緣組織。
c.制作用于光學顯微鏡、電子掃描和透射顯微鏡的小組織片。
d.食品的干燥方面：如咖啡、茶葉、肉魚蛋類、海藻、水果、蔬菜、調料、豆腐、方便食品等。
e.高級營養品及中草藥方面：如蜂王漿、蜂蜜、花粉、中草藥制劑等。
f.超細微粉的制備方面：如制取Al2O3、ZrO2、TiO2、Ba2Cu3O7～8、Ba2Ti9O20等超細微粉。
g.其他方面：如化工中的催化劑，凍干后可提高催化效率5～20倍；將植物葉子、土壤凍干保存，用以研究土壤、肥料、氣候對植物生長的影響及因子的作用；潮濕的木制文物、淹壞的書籍稿件等用凍干法干燥。
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