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eDNA在識別水生物種方面具有優勢，但由于該方法固有的復雜性，其應用在很大程度上仍在評估中。每個步驟都可能引入錯誤和偏差，包括樣品收集，DNA提取，DNA擴增，高通量測序和生物信息學管道。在水生生態系統中應用eDNA方法時，應考慮一些因素，并且需要強有力的實驗設計，以提高對從eDNA調查中獲得的結論的信心。

兩棲動物經常棲息在混濁的環境中，例如農業池塘或淺水湖，由于減少，eDNA 的采樣具有挑戰性與高沉積物負載堵塞過濾器相關的過濾方法的性能。渾濁水域中 eDNA 研究的效率仍然鮮為人知，很少有研究解決這些環境中生物多樣性評估的困難。由于表面積大，膠囊式ENDA過濾器可以過濾大量體積并有助于克服堵塞問題。

對于膠囊式過濾器，使用采樣泵送水。便攜式水生態EDNA捕獲器在從大量水的過濾（流淌或停滯）中回收水生生物的DNA方面非常有效。只需對池塘、溪流和湖泊等水體進行采樣、過濾，就可以有效捕獲水生生態系統中的這部分DNA。過濾膠囊過濾器可用于高濁度水，過濾水量可達100升。