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任何一種光學儀器里Z有價值的部分是在它的透鏡、反射鏡和稜鏡，這些鏡片都是選用高品質的光學玻璃，再根據使用目的不同，經過精確的成形和磨光制造而成的。玻璃是一種堅硬的原料，但是有些散布伴空氣中、肉眼無法看到的灰塵微?？赡鼙炔Ａн€硬，如果在清理鏡片時，稍不留神，使得這些灰塵微粒擦過鏡片表面，就容易在上面形成刮痕。往往一個小小的刮痕就會使光線無法通過，而減低觀察的效果，刮痕多的話甚至會使鏡片毀壞而無法使用。因此每次使用時都要避免去摩擦鏡片，同時避免讓手指頭接觸到鏡片，因為皮膚上的汁水及指紋會對鏡片造成破壞。

假如顯微鏡本身沒有使用電池的照明設備，使用前就要先調整反射鏡，使按目鏡能獲得最充足的光線，有一點要注意的是，絕對不要將反射鏡直接對著太陽。接著把標本放在鏡臺上，使標本的位置對準光圈中央，再以鏡臺壓條固定住。假如接物鏡是裝在旋轉盤上，可將Z低倍率的一個轉到標本上方，先調整粗調節器來對準焦距，再以微調節器來做最佳的調焦。

有的顯微鏡有不同的調焦方式，即主鏡筒和透鏡固定，而上下調整鏡臺來對焦。不管用的是那一種，要切記一項規則，那就是先把接物鏡放到Z低位置，再轉動調節器，使鏡筒慢慢上升，直到影像清晰為止;也就是說，調整焦距時，千萬不要把接物鏡朝著標本方向調整，而要朝相反方向來移動，以免一不小心，二者碰在一起，使標本片容易破裂，或使接物鏡產生龜裂。