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菌落計數儀的使用是體現菌落總數檢驗結果的準確性，直接影響這些產品衛生安全性評價的可靠性。
菌落計數需要2人分別使用菌落計數儀，以2人計數結果的平均值報告菌落數。通常認為不同稀釋度間的誤差及同稀釋度兩平行平板間的誤差均不應超過10％~1，若其誤差超過，其結果不可采用。
平板上的蔓延菌落一般不予計數。若有必要對其計數時，鏈狀菌落如僅有1條鏈，可視為個菌落；如有不同來源的幾條鏈，則應將每條鏈作為1個菌落計。若蔓延菌落不到平板的50％，而其余50％中菌落分布又很均勻，即可計算 50％的平板后乘2以代表全平板菌落數。
采取冷凍狀態下進行平板菌落計數的方法是不正確的。必須嚴格按照樣品的解凍條件要求，待樣品*解凍后，再實施檢驗 ，此結果才能更客觀地反映樣品實際的污染程度。  

在成像硬件上迅數公司*了宣撫使暗視野微生物菌落觀察裝置菌落計數儀，它*改變傳統的光照原理和培養皿觀察方法，構成對微生物菌落的高清晰、高精確的觀察和圖像采集。將菌落置于全封閉的暗視野內，利用光學原理計算出符合一定角度的光，通過折射、衍射和反射的效果，對菌落形成極其清晰的空間立體影像效果。與傳統的觀察和圖像采集相比，有效提高菌落與背景的對比度、提高對微小菌落的識別度、以及對雜質的區別度。
在圖像獲取上G系列自動菌落分析儀上采用了F/1.4大光圈鏡頭，其銳利的光學影像通過1000萬像素的真彩CMOS轉化為數字影像，超清晰展現培養皿表層和深層的細微菌落。全封閉、寬光帶、懸浮式暗視野照明系統，保證菌落計數精度的基本要求是獲得清晰、背景平整的圖像，消除外界雜散光的干擾。迅數公司對G系列的照明系統進行精密的設計，上下光源采用了寬光帶的LED柔光系統，并結合設計的懸浮式暗視野，不僅消除了玻璃培養皿的折射光斑，通過改變光比，使得菌落表面的皺折、凹陷、邊緣的鋸齒更富立體感。
分析軟件是菌落計數儀的另一塊核心成分，在軟件上迅數全自動菌落計數分析儀具備*的綜合智能分析系統，由迅數獨立研發的“迅數"colonfast菌落智能識別技術，融合了通用分割、多通道分割、同色分割等多種圖像處理算法，適合各種復雜的培養皿。