菌落計數器具有以下優點：
自動完成菌落計數，降低工作強度，提高計數效率，可以快速準確地得出菌落數量。
可以直接報告結果，無需手動計算，符合GMP/GLP實驗室規范，報告可導出，方便數據存儲和分析。
可以直接保存原始圖像，方便查找歷史檢驗結果。
可以設定菌落直徑，并得到有效識別，對不同大小的菌落進行分類計數。
適合各種培養基和各種色彩菌落計數，應用范圍廣泛。
具有自動雜質剔除功能，能夠根據形態、尺寸、顏色等方面的區別，自動識別和剔除雜質。
可以自動計算疊加的菌落數量，采用模糊概率算法，增加參考數據的可靠性。
具有統計效果監視功能，可以實時顯示處理后圖像，監視菌落分析的精度。
可以連接電腦，通過USB接口實現自動存儲檢測數據、生成EXCEL表、存儲圖片等功能，方便進行數據分析和傳送。
總的來說，菌落計數器不僅提高了計數的準確性和效率，還極大地簡化了操作流程，減少了人工操作帶來的誤差和不便。同時，它還具備許多其他優點，如自動雜質剔除、自動計算疊加菌落數量、統計效果監視等功能，使計數結果更加準確可靠。這些優點使得菌落計數器成為微生物實驗室中的實驗儀器之一。
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