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 常規的蒸餾技術一般都是在沸點溫度下進行的，但是分子蒸餾的時候就沒有這樣的條件，只要只要冷熱兩個面之間達到足夠的溫度差就可以了。事實也證明了這一點，因為分子蒸餾的操作溫度要遠遠低于物料的沸點。
而且常規蒸餾一不留神的話就容易出現鼓泡、沸騰等不良現象，這當然不會在分子蒸餾過程中出現，因為它是液膜表面的自由蒸發，操作壓力一般都很低，受熱時間也比較短。總的來說，常規蒸餾的蒸發和冷凝是可逆過程，液相和氣相之間處于動態相平衡；而分子蒸餾過程中,分子從加熱面逸出的分子直接飛射到冷凝面上，所以對它來說沒有限制。
薄膜蒸發器和短程分子蒸餾儀雖說都是化工生產設備，同樣都是分離裝置，但是薄膜蒸發器和短程分子蒸餾儀之間還真的有很大的區別。關于這一點，只要從兩種設備的結構、性能等方面比較一下就知道了。
先，從結構上看兩者區別的表現就是薄膜蒸發器的氣相出口在蒸發器的頂部，以滿足為輕組分的蒸汽自下向上流動的規律；而短程分子蒸餾儀正好相反，它的氣相出口在蒸發器的底部，主要是因為這設備中的輕組分要充分地在內置冷凝器上進行冷凝。
其次就是設備的性能了，這方面的不同也正是由于結構上的差別所造成的，比如薄膜蒸發器的z低操作壓力可以達到1mbar，而短程分子蒸餾儀則更低，可以達到0.001mbar的操作壓力。但是分子蒸餾儀也有yi定的限制存在，由于有內置冷凝器，因此刮膜轉子沒有辦法加底部軸承，在運行過程中會產生較大的震動，從而影響刮膜的效果。