微生物快速鑒定質譜是一種利用靜電場加速離子后，以離子飛行速度差異來分析離子質荷比的儀器，與脈沖激光源基質輔助激光解吸電離配合，組成了飛行時間質譜。MALDI軟電離技術的發展，使得質譜成為檢測生物大分子的重要手段。隨著技術的不斷改善，質譜已經成為生命科學中的重要工具，發展以質譜為核心的臨床檢測、分子診療新技術是實現現代醫學的重要途徑。
質譜目前應用在微生物檢驗上的為飛行時間質譜，質譜目前應用在微生物檢驗上的為飛行時間質譜，就是這種質譜。主要用于細菌、酵母樣菌、絲狀真菌和分枝桿菌等檢測。具有快速、準確、高通量等特點，擁有超過4000菌種數據的中國本土化微生物數據庫。
儀器工作時，激光激發靶板上的細菌與基質讓細菌的蛋白在真空的飛行管中。檢測器通過檢測蛋白飛行時間的不同來建立一個曲線圖譜進而與數據庫中的信息比對，得出可能的菌的種。
由于質量解析度受限于離子位置分散，速度分散和方向角度分散三個因素影響，相同質核比的離子從離子源出來時，由于離子封包大其初始位置，初速度，射出方向上的差異都會影響離子解析度和準確度，另外飛行管的長度不能過長，由于檢測器面積是一定的，過長的飛行管會使離子在的擴散角的問題導致撞擊檢測器的數量減少，同時撞擊氣體分子的可能越大，靈敏度變差。
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